经过44天的航行，2012长江淡水豚科考队于12月24日下午抵达终点，并在武汉水生所码头公布了考察的初步发现。
经过宜昌至上海往返3400公里的航程寻找，科考队总共目视发现长江江豚380头次，声学考察发现172头次，与2006年考察相比，此次发现的江豚种群数量下降明显。以声学考察结果为例，今年“宜昌号”考察船在宜昌至上海的单程航行中，总共发现91头次江豚，而2006年科考一号船在同样的航程中发现了177头次。
科考队发现，江豚有往码头港口区域集中的趋势。此次考察全程共统计到航行货船9643艘、作业渔船736艘。长江干流、尤其是下游区域货船作业密度非常高。“这么密集的航运，对完全依赖声纳系统生存的江豚来说，是一个潜在的致命威胁。”科考队成员、WWF（世界自然基金会）江豚项目官员张新桥博士介绍说。
相对而言，科考队在没有通航的夹江、汊道里发现了相对集中的江豚种群，比如在宜昌胭脂坝发现了3头、鄂州江段发现了3头、镇江长江豚类省级自然保护区发现了8头。但形势也不容乐观，因为在这些区域发现了很多定置网，非法渔业活动对江豚的影响也不容忽视。“整体而言，长江干流的江豚分布呈现出斑点化分布的趋势，一小群江豚固定生存在相对狭小的范围内，这对江豚种群的繁衍而言，并不是一件好事情。”科考队副总指挥、中科院水生所王克雄博士忧心忡忡地指出。
接下来，科考队会投入到紧张的数据分析中，统计出长江中下游江豚数量及其变化趋势；并在此基础上为农业部出台《长江江豚拯救行动计划》提供基础数据支持，对现有豚类保护区的范围、功能区调整以及新建保护区等提出建议。
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